Cuộc chiến của hai kiếm khách huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đến hồi căng thẳng. Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọan. Kenshin gặp muôn vàn khó khăn và suýt bỏ mạng khi chiến đấu với hỏa kiếm hủy diệt của Shishio cũng như các phong cách chiến đấu đa dạng của lũ tay sai dưới trướng hắn. Để ngăn cản Shishio, Himura Kenshin buộc phải tìm được đến sư phụ dạy kiếm thuật của mình để học tuyệt chiêu cuối cùng của phái Phi Thiên Ngự Kiếm...